من الممكن أن يؤدي الازدهار المفاجئ في السياحة بالقارة القطبية الجنوبية إلى تهديد النظام البيئي الهش بالفعل في القارة وإلى زيادة تفاقم ظاهرة الاحتباس الحراري، وفقا لصحيفة فايننشال تايمز. وأثار الوضع الحالي للقارة كمحمية طبيعية غير مأهولة، اهتمام الكثيرين، بما في ذلك المسافرين الأثرياء الذين لا يكترثون لإنفاق مبالغ كبيرة للسفر على متن سفينة تنقلهم مباشرة إلى شواطئ انتاركتيكا. الأهم في هذه المسألة أن انتاركتيكا ليس لديها حكومة ولا يوجد أحد لرصد النشاط السياحي على الأرض، ما يجعل مسألة إحصاء الأعداد صعبة. ويحذر أحد علماء البيئة من أن تزايد أعداد السفن السياحية سيجعلها تمتد إلى ما هو أبعد للوصول إلى طيور البطريق غير المعتادة على البشر. وأشار إلى أن هذه الطيور غير مسالمة وأكثر عدوانية، ومن المرجح جدا أن تترك أعشاشها عند الاقتراب منها.

ازدهار السياحة في القطب الجنوبي ليس سيئا بالكامل، فلم يعثر العلماء على أي دليل لوجود مستويات من هرمونات التوتر لدى طيور البطريق التي تعيش في المناطق التي تشهد تدفقا كبيرا من السياح. "يستفيد الباحثون أيضا من البيانات الكثيرة التي يتم جمعها من مسافري السفن السياحية المشاركين في مبادرات العلوم المدنية، والتي تتضمن تسجيل درجات حرارة المياه، ومدى نقائها ومؤشرات أخرى. المسافرون إلى انتاركتيكا من الذين يفضلون بشكل عام الحفاظ على البيئة".